在处理员工对合规体系培训的质疑和反馈时，管理者可以采取以下方法：
建立沟通机制：与员工建立开放、透明的沟通机制，鼓励员工提出问题和反馈意见，并及时回复和解答。
解释合规的重要性：向员工解释合规的重要性，包括对企业声誉、法律责任和员工个人利益的影响，增强员工对合规培训的认识和理解。
提供案例分析：通过实际案例分析，向员工说明合规违规的后果，让员工认识到合规培训的必要性和紧迫性。
提供个性化培训：根据员工的不同背景和需求，提供个性化的培训内容，增加员工对培训的参与度和认可度。
激励机制：建立激励机制，奖励那些积极参与合规培训并提出建设性意见的员工，激发员工参与的积极性。
持续改进：定期评估合规培训的效果，根据员工的反馈意见和实际情况进行持续改进，确保培训内容的有效性和适用性。
通过以上方法，管理者可以更好地处理员工对合规体系培训的质疑和反馈，提高员工对合规培训的接受度和参与度，进而确保企业合规管理的有效实施。